Millennium se fundó antes del final de la Segunda Guerra Mundial, por la Orden Especial #666 de Hitler, como medio de investigar y usar fenómenos sobrenaturales con propósitos militares. En 1944, el proyecto de crear un ejército de vampiros fue arruinado por Walter C. Dornez de catorce años y su cómplice, Alucard (quien había aparentemente tomado la forma de una niña). En la historia actual (en 1999-2000), Walter y Alucard dicen haber "matado a todos" y puesto un fin a sus experimentos, pero todavía no se sabe con seguridad exactamente lo que pasó durante esos eventos. Es aparente que, en realidad, no mataron al Mayor, al Doctor, al Capitán, ni a Rip van Winkle. De hecho, el estado actual de su supuesta fuente vampírica (una vampiresa sin nombre solo referida como "Ella")(en el capítulo 94 se descubre que es Mina Harker de la obra de Bram Stoker) es desconocido. Los eventos que toman lugar en 1944 se cuentan en la protosecuela de Hellsing, Hellsing: El Amanecer.
Luego de este evento, Millennium comenzó a planear su escape. Para el fin de 1944, la mayoría de los miembros ya se había ido a Sudamérica, llevándose con ellos un batallón de 1.000 voluntarios de la Waffen-SS. Esto llegó a ser conocido como el "Último Batallón" ("Letzte Bataillon" en alemán), un arma secreta para usarse en un conflicto futuro.
Al final del capítulo 94, los últimos integrantes de Millennium, que son el Mayor, el Doctor y Walter, mueren en el zepelin en donde se encuentran; el primero por el enfrentamiento por Integra y los dos últimos, al descubrirse que el Doctor tenia retenida a Mina Harker y la iba a emplear para lograr rearmar a Millennium, pero Walter lo evita y con los microfilamentos lo corta a la mitad al Doctor , y le pide que se rinda, ya que no podía hacer nada más para lograr ganar la guerra, con la negativa de él, Walter destruye al cadáver de la vampira y en ese momento le cae un ataúd encima al Doctor, mientras que Walter comenzó a fumar un cigarrillo, esperando que las llamas lo cubrieran y terminara con su vida.
Miembros
El Mayor / SS-Sturmbannführer Montana Max
Un antiguo oficial de la SS. Estaba a cargo de los experimentos nazis con vampiros y hombres lobo, hasta que la operación fue destruida por Walter y Alucard en 1944. Ahora regresó para vengarse e iniciar una guerra sin fin.
Doctor
El genio loco cuya investigación condujo a la creación de un ejército de vampiros nazis a partir de 1.000 voluntarios.
Capitán / SS-Hauptsturmführer Hans Günsche
El guardaespaldas silencioso y estoico del Mayor. Él es el único hombre lobo real en las fuerzas Werewolf de Millennium.
Teniente Primera / SS-Obersturmführer Rip van Winkle
Una de los mejores soldados de Millennium, y miembro de las fuerzas especiales Werewolf. Usa balas especiales en un mosquete de chista de cañón largo, que "castigan a todos, sin distinción". Su nombre viene de un cuento corto de Washington Irving con el mismo nombre, Rip van Winkle
Teniente Primera / SS-Obersturmführer Zorin Blitz
Una vampiresa alta y muy musculosa que trabaja para la Organización Millennium, y es parte de la fuerza Werewolf. Es la comandante de una de las fuerzas de zeppelin de Millennium, y es, aparentemente, la instigadora del ataque de los Hermanos Valentine a la Mansión Hellsing (aunque esto es simple conjetura de mezclar las historias del manga y del anime).
HJ-Oberstammführer (Suboficial) Schrödinger
Aunque hay algo de debate en el mundo occidental acerca de su especie, Schrödinger ha sido identificado por Hirano como un niño gato ("Werewolf" es la unidad militar en la que sirve). Fue creado por el Doctor (a quién él se refiere irreverentemente como "Doc"). El personaje deriva de la paradoja de la física cuántica del gato de Schrödinger, y muestra algunas habilidades que se podrían describir como saltos en el espacio-tiempo, o para estar en dos sitios a la vez o estar vivo y muerto al mismo tiempo.
Tubalcain Alhambra
También conocido como "Dandy Man", es un teniente de Millennium y sus armas son unas cartas afiladas como navajas. Él es el que envía el equipo G.A.T.E. tras Alucard y Seras Victoria. Su nombre Tubalcain es el de un patriarca antediluviano mencionado en el Genesis de la Biblia, también relacionado con tradiciones demonológicas, y el apellido Alhambra esta tomado de una fortaleza palatina árabe en Granada, España.
Luke y Jan Valentine
Estos dos vampiros (FREAKs en el anime; FREAKs son humanos vueltos vampiros por medio del chip del mismo nombre) tienen mucha influencia en la clandestinidad. Sus orígenes exactos son desconocidos. Sin embargo, en el segundo episodio del OVA, un comentario de Jan sugiere que son de clase baja. Con un ejército de ghouls, atacaron el cuartel general de Hellsing. Sus ghouls estaban armados con rifles, armadura corporal, y escudos. Jan usa un par de FN P-90s silenciadas y altamente modificadas, mientras que Luke usa dos M1 Garands recortados (en el OVA, los acompaña con lo que parece ser un cuchillo bowie). Jan se enfrentó a Walter y Victoria, mientras Luke descendía al sótano para luchar con Alucard. Éste lo abruma y mata fácilmente, mientras que Jan arde hasta quedar hacho cenizas por los dispositivos implantados en su cuerpo. Éstos son activados por el Doctor y el Mayor, ya que él casi revela sus identidades.
Mucho más tarde, Luke revive de las entrañas de Baskerville, el perro que se lo había comido, mientras Alucard se encuentra en una batalla con Walter. Éste lo usa como un títere y Alucard lo despacha. Luego es apuñalado (erróneamente) en el corazón por Walter, matándolo definitivamente.
